Nachdem ein Junge von einem Virus befallen wird und sich seine Augen mit dem schwarzen Öl überziehen, werden Scully und Mulder in einen Strudel der Ereignisse gezogen, in dem allerhand Verschwörungen und Vertuschungen ihre Arbeit erschweren. Als das FBI die beiden auch noch als Sündenböcke für einen terroristischen Anschlag hinstellt, gerät das Duo zunehmend unter Druck und in Todesgefahr.