Ein Mann wird ohne Erinnerungsvermögen und mit schweren Schussverletzungen von einem Fischer aus dem Mittelmeer an Land gezogen. Alles, was der Mann über sich herausfinden kann, ist, dass er für die CIA arbeitete und nun seine eigene Organisation Killer auf ihn gehetzt hat. Auf der Suche nach seiner wahren Identität beginnt für Bourne ein gefährliches Katz- und Mausspiel.