Sie ist die einzige Tochter des fanatischen Dorfpriesters, der Johanna (Johanna Wokalek) am liebsten zum Teufel schicken würde - denn ein Mädchen ist in seinen Augen nichts wert. Allen Barrieren zum Trotz lernt Johanna heimlich Lesen und Schreiben und entpuppt sich als außerordentlich intelligent. Bald wird sie als einziges Mädchen in die Domschule in Dorstadt aufgenommen. Ihr Mentor dort ist Ritter Gerold (David Wenham) - die beiden verlieben sich ineinander. Als die Normannen einen brutalen Feldzug auf die Stadt ausüben, trifft Johanna jedoch eine Entscheidung, die ihre Biografie zu einem der ungewöhnlichsten Lebenswege der Geschichte machen soll: Als Mann verkleidet tritt sie ins Kloster Fulda ein, ihre wahre Identität bleibt unentdeckt. Nicht so ihre Begabung des Heilens. Johanna wird zum Priester geweiht und erlangt kurze Zeit später den Ruf eines Wunderheilers. Als Papst Sergius (John Goodman) unerwartet an einer Vergiftung stirbt, wird Johanna völlig überraschend zum neuen Papst gewählt. Doch die siegreiche "Päpstin" hat ein Geheimnis, das es unter allen Umständen zu wahren gilt: Sie ist von ihrem Geliebten Gerold schwanger...