Die Eliteeinheit G.I. Joe gilt als Profi-Instanz, wenn es um den Schutz der amerikanischen Bevölkerung geht. Eines Tages wird sie Opfer eines unvorhersehbaren Angriffs, bei dem zahlreiche Mitglieder den Tod finden. Die Regierung begründet die Liquidierungsaktion offiziell mit einem angeblichen Landesverrat von G.I. Joe. Doch bald stellt sich heraus, dass die Geheimorganisation Cobra hinter dem Blutvergießen steckt. Die wenigen Überlebenden, darunter Roadblock und Lady Jaye, schwören Rache und bündeln ihre Kräfte zum Rückschlag.