Vor fünf Jahren wurde die Welt von zwei riesigen Kreaturen verwüstet, sogenannten MUTOs, die auf der Suche nacheinander waren und dabei eine Schneise der Verwüstung hinterließen. Glücklicherweise nahm die legendäre Riesenechse Godzilla die Verfolgung der MUTOs auf und konnte diese in einer gewaltigen Schlacht besiegen. Doch das ist nicht das letzte Mal, dass die Welt mit den gigantischen Monstern, den sogenannten Titanen, in Berührung kommt: Denn mittlerweile hat die Geheimorganisation Monarch überall auf der Welt neue Monster entdeckt, darunter den Flugsaurier Rodan, die riesige Motta Mothra und den dreiköpfigen Drachen Ghidorah. Als der Öko-Terrorist Jonah Alan (Charles Dance) diese mit Hilfe einer von der Wissenschaftlerin Dr. Emma Russell (Vera Farmiga) entwickelten Maschine auf die Erde loslässt, ist das Überleben der Menschheit in Gefahr. Glücklicherweise hat sich Godzilla vom Kampf gegen die MUTOs erholt und verteidigt die Erde gegen die anderen Titanen…