Johnny Englishs (Rowan Atkinson) Zeit als aktiver Geheimagent liegt hinter ihm, mittlerweile unterrichtet er Nachwuchsagenten an einer speziellen Schule. Doch dann gelingt es einem geheimnisvollen Hacker, sämtliche britischen Spione zu enttarnen und den britischen Geheimdienst damit beinahe komplett lahmzulegen – beinahe, denn einzig die Tarnung von Johnny English bleibt intakt, weil dieser sich Digitalisierung und Internet bislang konsequent verweigert hat. So beauftragt die Premierministerin (Emma Thompson) notgedrungen English mit der Rettung der Welt, obwohl dieser bislang jeden seiner Aufträge mehr oder weniger in den Sand gesetzt hat. Gemeinsam mit seinem treuen Kollegen und Gehilfen Bough (Ben Miller) macht sich English an die Rettung der Menschheit, wobei er auf die ebenso verführerische wie mysteriöse Schurkin Ophelia (Olga Kurylenko) trifft…