In den 70er Jahren des 19. Jahrhunderts erhält der US-Captain und Bürgerkriegsveteran Nathan Algren (Tom Cruise) ein verlockendes Angebot aus Japan: Er soll die Truppen des Kaisers für den Kampf gegen die letzten Samurai im Gebrauch mit westlichen Schusswaffen ausbilden. Fasziniert von seiner neuen Umgebung beteiligt sich Algren an Kampfhandlungen und wird prompt von den Samurai gefangen genommen. Nun sieht er sich vor eine fundamentale Frage der Ehre gestellt. "Der mit dem Wolf tanzt" trifft "Shogun" unter den Gefechtsbedingungen einer modernen Hollywood-Big-Budget-Produktion. Zu einer weiteren bildgewaltigen Japanmission nach "Kill Bill" bitten Regisseur Edward Zwick und Herr Kassenmagnet Cruise persönlich. Traumatisiert von den Indianerkriegen, soll Captain Algren 1876 in Japan eine Armee aufbauen, um Samurai-Rebell Katsumoto, der sich gegen die Öffnung zum Westen wehrt, in die Knie zu zwingen. Doch nach einer vernichtenden Niederlage gerät Algren in Gefangenschaft und findet bei den stolzen Kriegern seine Berufung und die Selbstachtung, die er in der Heimat verloren hatte. Der desillusionierte Ex-Army-Captain Nathan Algren reist nach Japan, um dort im Auftrag des Kaisers eine Armee für den Kampf gegen den letzten verbliebenen Samurai-Führer Katsumoto auszubilden. Als der junge Monarch Algrens Truppe viel zu früh in die Schlacht schickt, erleidet sie eine verlustreiche Niederlage. Algren wird von Katsumotos Männern gefangen genommen und in die Berge verschleppt. Schwer verletzt gibt er sich nie geschlagen und erwirbt sich damit den Respekt des Samurai. Der Beginn einer tiefen Freundschaft.