Bereits mit neun Monaten wird Maria Stuart zur Königin von Schottland gekrönt, doch sie verbringt den Großteil ihres Lebens in Frankreich, wo sie durch die Hochzeit mit Franz II. mit 16 ebenfalls zur Königin wird. Als ihr königlicher Ehemann nur zwei Jahre später stirbt, heiratet die 18-jährige Maria Stuart (Saoirse Ronan) nicht etwa neu, sondern kehrt nach Schottland zurück, um dort den Thron zu besteigen. Über Schottland regiert aktuell aber Elisabeth I. (Margot Robbie), die zugleich auch Königin von England ist. Ein Konflikt zwischen den beiden Monarchinnen scheint unvermeidlich und wird durch Intrigen und Verschwörungen weiter provoziert. Dabei befinden Maria und Elizabeth sich eigentlich in einer ähnlichen Situation, da sie sich beide in einer von Männern dominierten Welt behaupten müssen…