Die bedrohliche Kreatur Serleena landet in New York und nimmt die Gestalt einer attraktiven Frau an: Mit Hilfe des auf der Erde abgestellten Scrad will Serleena das Licht von Zartha sicherstellen, um die Universumsherrschaft zu übernehmen. MIB-Agent Jay stellt sich der drohenden Gefahr, muss dafür aber zunächst seinen alten Partner Kay aus dem Ruhestand (und der Ahnungslosigkeit) zurückholen.