Die Blaumiesen zerstören das idyllische Pepperland und lassen es versteinern. Nur Kapitän Old Fred entkommt mit dem Yellow Submarine und trommelt in Liverpool die Freunde (in der Reihenfolge) Ringo, John, George und Paul zusammen. Auf der Reise erleben sie zahllose Abenteuer mit skurrilen und grotesken Gestalten wie dem Vakuumschlucker, nehmen den philosophischen Nowhere Man mit und befreien als Sergeant Pepper's Lonely Hearts Club Band mit Musik Pepperland vom Bann. Im Finale singen die echten Beatles "All Together Now". Zeichentrickfilm, in der die Beatles als Insassen eines gelben Unterseebootes die Mächte des Unmenschlichen und des Amusischen besiegen.